Transparentní, volně přístupné otevřené popisy a dokumentace vědeckých postupů s cílem zvyšovat kvalitu výzkumu tím, že potenciálně zlepšují jeho spolehlivost prostřednictvím reprodukovatelnosti. Podrobně odkazují na dokumentaci výzkumu, aby bylo možné jej ověřit, zopakovat a použít jinde. Zahrnují přesný popis provedených pracovních postupů a analýz dat, včetně kroků čištění dat, eliminace dat, úvah o návrhu výzkumu, popisu použitých materiálů, uspořádání a provedení experimentu, specifikace kódování, pozorování, standardizovaných protokolů, otevřených laboratorních deníků, softwaru nebo vybavení použitého pro sběr / záznam dat, analýz, postupů indexování různých proměnných a zacházení s chybějícími hodnotami. Kromě toho zahrnují i činnosti, které umožňují rychlý a otevřený přístup k výsledkům výzkumu, jako je předběžná registrace nebo zveřejnění zdrojového kódu.

Velmi důležitá může být i dokumentace systémového prostředí počítače používaného pro analýzu dat, protože např. odlišný hardware, verze překladače nebo použití systémových proměnných může vést k odlišným výsledkům softwarově podporované analýzy, a to i když samotný software byl poskytnut jako open source.

Příklady platforem otevřených metod / metodik:

• Protocols.io: platforma pro správu dat, vývoj, sdílení a diskuzi o metodách a protokolech.
• Protocol Exchange: otevřené úložiště od Nature Portfolio pro sdílení protokolů vědeckého výzkumu; protokoly zveřejňují autoři přímo na tzv. burze protokolů a jsou volně k dispozici vědecké komunitě k použití a připomínkování.
• Lab Protocols and Study Protocols: spolupráce mezi PLOS ONE a protocols.io, která nabízí autorům možnost sdílet své laboratorní a studijní protokoly; studijní protokoly popisují podrobné plány a návrhy výzkumných projektů, které ještě nepřinesly výsledky; skládají se z jednoho článku v PLOS ONE a protokolu zveřejněného na webu protocols.io
• STAR Protocols: otevřený recenzovaný protokolový časopis vydavatelství Cell Press, který zveřejňuje popsané experimentální a výpočetní protokoly ze všech oblastí věd o životě, zdraví, zemi a fyziky.

Zdroj:

• F1000Research, Preparing a Method Article, How to Publish, [cit. 2026-04-27]

Autor hesla: PhDr. Jitka Balcarová, Ph.D.

Transparentní, volně přístupné otevřené popisy a dokumentace vědeckých postupů s cílem zvyšovat kvalitu výzkumu tím, že potenciálně zlepšují jeho spolehlivost prostřednictvím reprodukovatelnosti. Podrobně odkazují na dokumentaci výzkumu, aby bylo možné jej ověřit, zopakovat a použít jinde. Zahrnují přesný popis provedených pracovních postupů a analýz dat, včetně kroků čištění dat, eliminace dat, úvah o návrhu výzkumu, popisu použitých materiálů, uspořádání a provedení experimentu, specifikace kódování, pozorování, standardizovaných protokolů, otevřených laboratorních deníků, softwaru nebo vybavení použitého pro sběr / záznam dat, analýz, postupů indexování různých proměnných a zacházení s chybějícími hodnotami. Kromě toho zahrnují i činnosti, které umožňují rychlý a otevřený přístup k výsledkům výzkumu, jako je předběžná registrace nebo zveřejnění zdrojového kódu.

Velmi důležitá může být i dokumentace systémového prostředí počítače používaného pro analýzu dat, protože např. odlišný hardware, verze překladače nebo použití systémových proměnných může vést k odlišným výsledkům softwarově podporované analýzy, a to i když samotný software byl poskytnut jako open source.

Příklady platforem otevřených metod / metodik:

• Protocols.io: platforma pro správu dat, vývoj, sdílení a diskuzi o metodách a protokolech.
• Protocol Exchange: otevřené úložiště od Nature Portfolio pro sdílení protokolů vědeckého výzkumu; protokoly zveřejňují autoři přímo na tzv. burze protokolů a jsou volně k dispozici vědecké komunitě k použití a připomínkování.
• Lab Protocols and Study Protocols: spolupráce mezi PLOS ONE a protocols.io, která nabízí autorům možnost sdílet své laboratorní a studijní protokoly; studijní protokoly popisují podrobné plány a návrhy výzkumných projektů, které ještě nepřinesly výsledky; skládají se z jednoho článku v PLOS ONE a protokolu zveřejněného na webu protocols.io
• STAR Protocols: otevřený recenzovaný protokolový časopis vydavatelství Cell Press, který zveřejňuje popsané experimentální a výpočetní protokoly ze všech oblastí věd o životě, zdraví, zemi a fyziky.

• F1000Research, Preparing a Method Article, How to Publish, [cit. 2026-04-27]